وی درباره برخی از معایب این طرح افزود: اول اینکه در انتخاب ظرفیت‌های بومی، تعداد بیشتری از دانشجویان داوطلب منطقه در دانشگاه‌های منطقه می‌ماند و کاهش مبادلات فرهنگی یکی از معایب این طرح است.
وزیر علوم تحقیقات و فناروی گفت: ما از دانشگاه‌ها خواسته ایم که مضار یا معایب این طرح را ارائه دهند تا برای اصلاح به شورای عالی انقلاب فرهنگی ارائه دهیم.
آقای غلامی همچنین درباره اعتراض داوطلبان نظام قدیم به سؤالات کنکور 98 اظهار داشت: داوطلبان ورود به دانشگاه‌ها مطمئن شوند که نمرات شان تعادل دارد و متناسب با تحصیلات آن‌ها است.
وی افزود: سازمان سنجش آموزش کشور برای طراحی سؤال، مخزن سؤال دارد که در سال‌های متمادی سؤال‌های مختلف از منابع نظام جدید و قدیم طراحی شده است.
وزیر علوم تحقیقات و فناوری گفت: بنابراین برای سؤالات کنکور از سیستم نرم افزاری استفاده می‌شود و اگر داوطلبان کنکور تک نظام هم باشند باز هم سؤالات برای همه طراحی و استفاده می‌شود و اینکه گروهی بگوید سؤالات ما سخت‌تر از گروه دیگر بوده است قابل اثبات نیست.
وی در ادامه درباره تسهیلات فرزندان اعضای هیأت علمی گفت: شورای عالی انقلاب فرهنگی مصوبه‌ای دارد که درباره آن بیش از چیزی که هست حرف زده می‌شود و آن مربوط به تسهیلات فرزندان اعضای هیأت علمی است و بر اساس این تسهیلات اجازه دارند در مرحله اول دانشجویانی که فرزند اعضای هیأت علمی هستند هر جا قبول شده اند در دانشگاه‌های محل خدمت والدین بروند و فرزندان اعضای هیأت علمی هیچ سهمیه‌ای در کنکور ندارند.